[법원도서관과 함께하는 문진헌 기자의 생활판례] 109 양도소득세

구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항은 양도가액에서 공제할 필요경비로 취득가액 취득세 등록세 자본적 지출액 양도비 기타부대비용등을 규정하고 있다.

부가가치세법 제6조 제4항 전문에는 '사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다'고 돼 있다. 폐업자는 잔존 재화에 대한 부가가치세를 다시 납부해야 한다는 의미다.

자산 취득시 부담한 부가가치세액은 원칙적으로 '기타 부대비용'으로서 취득가액에 포함된다. 다만 사업자의 경우에는 이를 공제받음으로써 실질적으로는 부가가치세액을 부담하였다고 볼 수 없기 때문에 이를 부대비용으로 보지 않는다. 그러나 폐업하게 되면 건물과 같은 고정자산의 경우 잔존재화에 대한 부가가치세를 다시 납부하게 되므로 그 부분에 대해서는 취득시 소요되는 '기타 부대비용'에 포함된다.

A는 토지와 이에 딸린 5층 건물을 취득하여 임대사업을 했다. 그런데 뉴타운지구 도시개발사업 시행에 따라 한국토지주택공사와 건물에 대한 지장물 보상합의를 해, 임대사업을 폐지하고 관할 세무서에 부가세를 납부했다. 이어 A는 양도소득세를 납부한 후 임대 사업을 폐지함에 따라 건물의 잔존 재화에 대하여 부담한 부가가치세를 필요경비로 공제해달라고 수정 청구했으나 거부당하자 소송을 제기했다.

1심과 2심 법원은 소득세법 제95조가 양도가액에서 공제할 필요경비를 양도자산의 취득에 든 비용, 그 자산의 객관적 가치를 증가시키는 데 든 설비비와 개량비, 자본적 지출액과 양도비로 제한하고 있고, 소득세법 시행령 제163조는 과세소득의 실정법상 범위 및 규정 방식과 관련하여 열거주의를 채택하고 있다고 판단했다.

재판부는 폐업시 잔존재화에 대하여 부담한 매출세액을 양도소득의 필요경비로 열거하지 않고 있다고 판시했다.

재판부는 폐업시 잔존재화에 대하여 부가가치세를 부과하는 것은 사업자가 매입세액을 공제받은 후 폐업하게 되면 결과적으로 부가가치세를 부담하지 않게 되므로 이를 방지해 과세 공평을 기하려는 데 있다고 판단했다. 그러므로 관련 부가세는 건물을 취득하는데 소요된 비용이라고 보기 어렵다고 판결했다.

대법원의 판단은 달랐다. 재판부는 소득세법에 자산의 취득시 소요된 '기타 부대비용'이 필요경비에 포함되는 '취득에 든 실지거래가액'의 하나로 열거되어 있다고 판단했다. 자산의 취득시 부담한 부가가치세액은 원칙적으로 취득시 소요되는 '기타 부대비용'으로서 취득가액에 포함되어야 하고, 다만 사업자의 경우에는 이를 매입세액으로 공제받음으로써 실질적으로는 부가가치세를 부담하였다고 볼 수 없기 때문에 이를 취득시 소요되는 부대비용으로 보지 않는 것이라고 판시했다. 고정자산의 경우 잔존재화에 대한 부가가치세는 폐업시까지 해당 자산을 처분하지 않음으로써 취득시 지출하였다가 매입세액으로 공제받은 부가가치세액의 일정 부분으로 실질적으로 다시 부담하게 되는 것이다. 이는 사업자임을 이유로 매입세액으로 공제받았던 취득시 부담한 부가가치세를 그 지위를 상실하게 됨에 따라 다시 부담하는 것이라 할 수 있으므로 그 부분에 대해서는 취득시 소요되는 '기타 부대비용'에 포함해야 한다고 판시했다.

-이 사건 판결문 전문은 법원도서관 2013.2.1. 판례공보에서 볼 수 있습니다. 대법원 2012두12723 판결 참조. 자료제공 법원도서관
문진헌 기자 jhmun@naeil.com

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